关于jupyterNotebook 的虚拟环境配置

因为默认的python设置是3.13版本，会经常出现版本不配套问题需要用比较旧的python版本
window 11
在anconda prompt中：

创建一个纯净的 Python 3.9 环境

conda create -n bio_final python=3.9 -y

激活它

conda activate bio_final

用 Conda 装

conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg seaborn scikit-learn pandas notebook ipykernel -y

需要用到的库可以在里也装进去

pip install magic-impute scprep

让这个版本的选项出现在jupyter notebook 里面

python -m ipykernel install --user --name=bio_final --display-name "Python 3.9 (Final)"

实际上在第三个命令之后出现了报错，于是改为在jupyter notebook里面用pip安装

1. 先卸载可能损坏的 conda 包

!pip uninstall -y scanpy anndata

2. 补充一个关键的版本管理工具 (很多时候报错是因为缺这个)

!pip install setuptools-scm get_version

3. 重新安装稳定版的 scanpy 和 anndata (跳过缓存，确保下载新的)

!pip install scanpy1.9.6 anndata0.10.3 --no-cache-dir

之后还有几个版本不对依旧报错，但是到这里已经能看到胜利的曙光了

报了一个zarr的版本错误

!pip install "zarr<3"

以及numpy 和pandas

!pip install "numpy<2.0" "pandas<2.2" --force-reinstall

然而不出意外的话还是出了意外，双双双报错了

Gemini老师给了这个

%pip install "numpy<2.0" "pandas<2.2" scipy scikit-learn --only-binary :all: --force-reinstall

中间懒得守着等去吃饭了……一回来居然神奇地好了（！。！）