非模式生物基因富集分析——小麦富集分析

news/2025/11/11 15:06:49/文章来源:https://www.cnblogs.com/huaguang/p/19210398

TriticeaeGeneTribe - A homology database for Triticeae tribe (wheat, durum wheat, barley, and their relatives)

1、模式生物与非模式生物

 

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 小麦属于作物模式生物

 

2、富集分析

对于非常规生物的富集分析，有些R包没有该物种的GO注释包，需要自己提供GO注释信息。对于常规利用R包进行富集分析的物种，背景基因集就是提供的注释信息，而对于我们非常规生物进行富集分析，背景基因集就是我们找的GO注释文件

GO注释文件需要整理为：

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3、相关数据库

IWGSC是专门研究目标是 专注于小麦（Triticum aestivum）本身的基因组，而不是其亲缘种。

JGI / Phytozome覆盖面更广

 

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