Indexing
-H: 使用同源聚合的k-mer(适用于PacBio数据) -k INT: k-mer的大小(不超过28)【默认值:15】 -W INT: minimizer窗口大小【默认值:10】 -I NUM: 每个~NUM输入碱基分割索引【默认值:4G】 -d FILE: 将索引转储到文件中
Mapping:
-f FLOAT: 过滤掉顶部FLOAT比例的重复minimizer 【默认值:0.00027】 -g NUM:如果在INT-bp内没有minimizer，则停止链条延伸【默认值:5000】 -G NUM:最大内含子长度(在-xsplice模式下有效;更改-r)【默认值:200k】 -F NUM: 最大片段长度(在-xsr模式下有效或片段模式中)【默认值:800】 -r NUM[,NUM]: 链接/比对带宽和长连接带宽【默认值:500,20000】 -n INT:在链条上的最小minimizer数量【默认值:3】 -m INT: 最小链接分数(匹配碱基减去对数缺口惩罚)【默认值:40】 -X: 跳过自身和双重比对(用于全对全模式) -p FLOAT: 次要比对分数与主要比对分数的最小比例[默认值:0.8] -N INT: 最多保留INT个次要比对【默认值:5】
Alignment:
-A INT: 匹配得分【默认值:2】 -B INT:不匹配的惩罚【默认值:4】 -O INT[,INT]: 缺口开启惩罚【默认值:4,24】 -E INT[,INT]:缺口扩展惩罚;k个长缺口的成本是min{01+kE1,02+kE2}【默认值:2,1】 -z INT[,INT]:Z-drop得分和反转Z-drop得分【默认值:400,200】 -S INT: 最小峰值DP比对得分【默认值:80】 -u CHAR:如何找到GT-AG。f:转录本链，b:两条链，n:不匹配GT-AG【默认值:n】
Input/0utput:
-a:以SAM格式输出【默认为PAF】 -0 FILE:将比对结果输出到FILE中【默认值:stdout】 -L:在CG标签中写入具有>65535个操作的CIGAR -R STR:SAM读组行，格式如'@RG\tID:foo\tSM:bar' -c:在PAF中输出CIGAR --cs[-STR]:输出cs标签;STR为'short'(如果省略)或'long'【默认值:none】 --MD:输出MD标签 --eqx:写入=/X CIGAR操作符-Y:对于补充比对，使用软剪辑 -t INT: 线程数【默认值:3】 -K NUM:映射的迷你批次大小 【默认值:500M】 --version:显示版本号
Preset:
-x STR:预设选项(总是在其他选项之前应用;详见minimap2.1)-map-pb/map-ont:PacBio CLR/Nanoporevs 参考基因组比对-map-hifi: PacBio HiFi reads vs 参考基因组比对-ava-pb/ava-ont:PacBio/Nanopore读取重叠-asm5/asm10/asm20:asm-to-ref比对，适用于约0.1/1/5%的序列差异-splice/splice:hg:.长读取/Pacbio-CcS剪接比对-sr:基因组短读比对
 string容器)
