SRA数据的的处理流程大概如下
一、SRA数据下载、
NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式。
下载以后就是以SRA为后缀名。
这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据。
1.通过http方式，2.通过ftp方式，3.通过Aspera
Aspera可以在NCBI网站上下载。
参阅：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/
二、SRA格式转换成FASTQ格式
./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/data/GEO/SRA/SRR058977.sra
fastq-dump可以在ncbi官方网站下载，这里面包含一系列的转换工具；
参阅：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK56560/
http://eutils.ncbi.nih.gov/Traces/sra/?view=software
转换成FASTQ，SFF，lllumina native，AB SOLiD native等格式；
另，转换FASTQ以后要转换成FASTA 命令如下：
awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta
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以上部分为预处理部分：
当然我做的方向是比对方向，就可以用fasta做比对工作了。
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后面还可以做其他反面的研究：
3.去接头（此步要注意是否有接头，一般RNA-SEQ数据应该是没有接头的）
4.用tophat寻找可变剪切
tophat -r 42 -G genome.fa -o PF genomeIndex SRR058977.fastq
5.用cufflinks找不同组织中的差异
cuffdiff genomeAnnotation.gff ../BF/accept.bam ./accept.bam
来源：http://blog.sciencenet.cn/blog-565558-626137.html
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可能会用到的修改目录权限的linux命令
Linux改变分区权限（简单好用版）
原理：
1.在Linux和Unix世界里，一切都是以文件的形式存在的。文件夹是文件，文件是文件，设备也是文件。
2.分区在挂载后，会在 /media/ 下以文件夹的形式显现
3.chmod用于修改权限 而chmod ugo+rwx 用于给所有的用户和用户组添加所有的权限
步骤：
1.假设需要修改权限的分区名为x
2.挂载x
3.赋权
代码:
sudo chmod ugo+rwx /media/x
...)
