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人种混合的存在提醒了研究远东地区的人类学家。在远东，特别是东南亚，棕色人种和黄色人种错综而居，有些群体更似乎兼有两方的特征，很难判定。这种格局究竟是不是混血，还是其它机制形成的。这个问题引起了人类学界的长期争议。其中的观点基本上可以分三类：气候带说、进化滞留说和南北混合说。

气候带说认为,早期的人类分散到各地，长期生活在固定的气候环境中，经过千万年的适应，渐渐形成了不同的体质。这种体质的差异从热带到寒带形成了一个差异梯度，越是往热带越具有棕色人种的特征，越往寒带越具有黄色人种特征。较近的历史时期内的移民活动又局部地打乱了这种南北梯度。气候带说的观点在遗传证据发现之前似乎能解释大部分现象。除了个别案例，比如寒冷的塔斯马尼亚，棕色人种定居历史也相当久远，却没有所谓黄色特征。后来的遗传发现证实了气候带说的观点实为本末倒置。他们所依据的一些特征的确是由气候造成的，却不是长期适应的结果，而是快速选择的结果。比如宽鼻厚唇的热带特征，实际上是由于热带疟疾高发，而地中海贫血基因可以抵抗疟疾。在强大的生存压力选择下，只要经过数代人的强化和固定，任何群体中的地中海贫血基因都会极高频地出现。而地中海贫血患者的胎儿在发育期间会因为缺氧而造成宽鼻厚唇等特征。这些特征与群体久远的发生历史毫无关系，根本不能解释黄种人和棕种人形成的机理。

进化滞留说与结构主义人类学有关系，支持者主要是一些古人类学家(注2)。他们认为远东人类由当地的古人类进化而来，其中棕色人种的特征与古人类更接近。他们发现，十万年以来，远东地区的人类化石“渐渐”由棕色人种特征转化为黄色人种特征。旧石器时代基本上“原始”特征占大部分，到新石器时代，“原始”特征个体的比例越来越少。中原地区到夏商时期还有“原始”特征的类澳大利亚个体存在，到后来渐渐消失。这体现了人类的一个进化过程，一些“原始”特征渐渐在群体中被淘汰。而在澳大利亚和伊利安)，“原始”特征却滞留在现代人群中。令人匪夷所思的是，各个人种的进化速度怎么会差别如此大。而各地黄种人却几乎匀速同向地进化了。这种现象的原因根本无法解释，而基因时代是拒绝这样不能解释的理论的。当然，现在的进化研究已经证实了东亚的古人类和现代人无关系，现代人的差异也不可能是因为进化程度的不同造成的。

南北混合说是早期群体遗传学界的普遍观点。他们在大量的双倍遗传标记研究中发现，南北差异始终是主流。对这种现象成因的最自然解释就是南北的人群有完全不同的来源，黄种人来自北方而棕种人来自南方，渐渐地扩散融合形成现代的格局。最早的看法以为现代人是当地起源的，所以猜想黄种人来自北京猿人，棕种人来自爪哇猿人(Java man)。现代人非洲起源说成为共识以后，又猜想黄种人从北方中亚进入，而棕种人从南方东南亚进入。但是从最合适的单倍遗传标记分析看，东亚人群几乎全部是从南方进入而后向北扩散的，所以南北异源之说也无从说起。这种观点基本上是种形而上学的观点。

从单倍遗传标记的分布看,对远东两个人种的分布格局形成机理，可以再提出一种新假说——先后替代说。棕色人种最早到远东，扩散开来；黄色人种来到远东以后渐渐取代棕色人种，形成黄色人种占据主体地区，棕色人种处于偏远地区的格局。