希腊网站后缀,php网站导航,河南最新任命12个厅级,山东省商务厅网站开发区管理处软件安装 Anaconda 所有语言的包(package)、依赖(dependency)和环境(environment)管理器#xff0c;类似应用商店 Conda Miniconda Anaconda#xff08;有交互界面#xff09; Linux下Miniconda即可 安装Miniconda 搜索北外/清华miniconda镜像网站#xff…软件安装 Anaconda 所有语言的包(package)、依赖(dependency)和环境(environment)管理器类似应用商店 Conda Miniconda Anaconda有交互界面 Linux下Miniconda即可 安装Miniconda 搜索北外/清华miniconda镜像网站复制最新版本链接Miniconda3-...-latest....-Linux-x86-64.sh 下载 wget -c downloadwebsite-c 断点续传参数 安装 运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 查看并同意软件license【进入more模式q退出yes确认】 选择安装位置 同意conda初始化【yes】 重新加载 source ~/.bashrc 设置是否激活base选用 conda config --set auto_activate_base false Tips浏览器中CtrlF可以搜索网页内容 Conda频道 添加频道 conda config --add channels URLURL来源清华镜像网站/北外镜像网站查看第三方源完整列表复制即可。 conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes 添加的频道存在~/.condarc目录中建议删除其中的defaults 可以提速 sed -i /defaults/d ~/.condarc建议先安装main然后conda-forge然后bioconda可提速 Conda环境管理 使用Conda安装时先创建独立环境 避免将软件装进base环境以免让conda崩溃 创建小环境conda create -n rna [python2.7] -n 指定环境名称 -y 跳过确认步骤直接回答yes 激活小环境conda activate rna 启动rna这个小环境 退出当前环境conda deactivate 查看已存在的小环境*表示正在激活的环境 conda env listconda info --env 删除已创建的小环境及安装包conda remove -n rna --all conda升级问题重大更新之后可以升级一下 创建环境成功时会出现三个done Conda命令规则主命令Conda 子命令 软件安装 按需取用 转录组 质量控制 fastqc、multiqc、fastp、trimmomatic、cutadapt、trim_galore… 比对定量 hisat2、bowtie、bowtie2、STAR、salmon、subread(featureCount) … 无参组装 Trinity(没有参考基因组) 查询conda可以装的软件 网站查询 https://anaconda.org/search https://bioconda.github.io/conda search software 关键词搜索 安装代码示例 conda install bioconda::fastp ##官网来源 conda install fastp ##配置频道来源 conda install fastp版本号 ##指定版本号 成功 检查安装成功方法 fastp --help 能打印出帮助文档大概率已经成功了 查看本环境中已安装的软件 conda list ##列出所有 conda list fast ##列出含有fast字符的所有软件 conda list -n rna #查看指定环境的软件删除软件 conda remove fastqc conda remove -n rna fastqc不建议删除软件 升级软件conda update fastqc(不常用可以直接指定安装版本) 小Tipsconda崩溃可以先将环境配置备份删除conda后再下载。 程序调用名和下载名不一定相同。 环境迁移 导出当前环境 conda env export envname env.yml #跨平台 conda list --explicit env.txt #仅限同平台导入环境 conda env create --nameenvname --file env.yml conda create --nameenv --file this file常见报错 CondaHTTPerror HTTP000 检查服务器网络ping www.baidu.com清空环境中所有的缓存conda clean -a把~/.condarc中的https换成http晚点再试试~ Solving environment 网络较差晚点再来清空缓存 ModuleNotFoundError 缺啥补啥直接安装缺少的模块 缺失libtbb.so.2 conda install tbb2020.3 缺失libstdc.so.6 conda install libstdcxx-ng9.1.0 conda install libgcc cp ~/miniconda3/lib/libstdc.so.6 ~/miniconda3/conda update --all export LD_LIBRARY_PATH 环境变量 用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量 打印变量echo $HOME 常见环境变量 HOME当前用户主目录PATHshell查找命令的目录列表由冒号分隔。使用命令的时候是从PATH中查找是否有这条命令。配置小环境的基石SHELL bash shell 的全路径名LOGNAME 当前用户的登录名PS1shell命令行界面的主提示符 ~/.bashrc系统配置文件包含设置信息修改后需要运行一下才生效source ~/.bashrc 建议在家目录下配置一个./bin, 将这个目录放入执行PATH中手动安装的内容可以放入bin mkdir bin vim ~/.bashrc #最后一行 export PATH~/bin:$PATH一个命令被执行的三个要素 输入命令后被全局调用需要满足三个条件 命令的本体文件真实存在在服务器中。命令的本体文件有可执行权限。这个命令被系统查找到命令路径在$PATH中记录。 自定义一个命令 创建一个命令文件赋予执行权限chmod ux filename命令路径纳入PATH Tipsbget 使用doi下载OA文献。 wget-c https://github.com/clindet/bget/releases/download/v0.3.2/bget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gz引用自生信技能树课程