MAFFT（Multiple Alignment using Fast Fourier Transform）是一款广泛使用且高效的多序列比对软件，由日本京都大学的Katoh Kazutaka等人开发，最早发布于2002年，并持续迭代优化至今。
它支持从几十条到上万条核酸或蛋白质序列的快速比对，同时在准确率和计算效率之间提供灵活的选择。
核心特点
| 特点 | 说明 |
|---|---|
| 快速 | 借助快速傅里叶变换（FFT）加速比对计算，尤其在处理长序列和大规模数据集时显著快于传统算法。 |
| 灵活性强 | 提供多种比对策略，从快速粗略比对（适合大规模数据）到高精度比对（适合小数据集和高保守区），用户可根据需求选择。 |
| 适配性好 | 适用于DNA、RNA和蛋白质序列，可处理部分重叠序列、片段化序列和大型基因家族。 |
| 并行化支持 | 支持多线程，能充分利用多核CPU加速计算。 |
| 可扩展性强 | 适合从小规模（<100个序列）到超大规模（>100,000个序列）的多种应用场景。 |
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