李升伟 整理
Galaxy 是一个基于 Web 的生物信息学平台，提供了直观的用户界面和丰富的工具，帮助用户创建和管理生物信息学工作流。以下是使用 Galaxy 创建生物信息学工作流的主要步骤：
1. 访问 Galaxy 平台
打开 Galaxy 的官方网站（如 usegalaxy.cn或 usegalaxy.org）。
注册或登录账户，以便保存工作流和分析结果。
2. 上传数据
在 Galaxy 界面中，点击“上传数据”按钮，将本地数据文件（如 FASTQ、BAM、VCF 等）上传到平台。
支持多种数据格式，Galaxy 会自动检测文件类型并提示用户确认。
3. 选择工具
在左侧工具面板中，搜索并选择需要的生物信息学工具（如序列比对、变异检测、数据可视化等）。
每个工具都有详细的说明和参数设置选项，用户可以根据需求调整参数。
4. 运行工具并生成结果
将上传的数据作为输入，运行选定的工具。
Galaxy 会显示任务的运行状态，并在完成后生成结果文件（如比对结果、统计图表等）。
5. 创建工作流
在工具运行完成后，点击“工作流”菜单，选择“从历史记录创建工作流”。
Galaxy 会自动将已运行的工具和参数组合成一个工作流，用户可以在工作流编辑器中进一步调整步骤顺序和参数。
6. 保存和共享工作流
保存工作流以便后续使用。Galaxy 支持将工作流导出为文件（如 .ga 格式），方便在其他 Galaxy 实例中导入。
用户还可以将工作流共享给其他研究人员，或发布到公共工作流库中。
7. 运行工作流
在“工作流”页面中，选择已创建的工作流并运行。
用户可以为工作流提供新的输入数据，Galaxy 会自动按照预设的步骤和参数执行分析。
8. 查看和分析结果
工作流运行完成后，结果文件会显示在“历史记录”中。
用户可以使用 Galaxy 内置的可视化工具（如 Circos 图表、统计图表等）查看和分析结果。
9. 优化和扩展工作流
根据分析需求，用户可以在工作流中添加新的工具或调整参数。
Galaxy 支持与 Docker 等容器技术集成，方便用户扩展工具和环境。
示例：使用 Galaxy 绘制 Circos 图
上传基因组数据（如染色体坐标、变异数据等）。
选择“Circos”工具，设置参数（如轨道类型、颜色等）。
运行工具并生成 Circos 图。
将工具保存为工作流，以便后续复用。
总结
Galaxy 提供了一个用户友好的平台，帮助研究人员轻松创建、管理和共享生物信息学工作流。通过结合丰富的工具和可视化功能，Galaxy 能够显著提高数据分析的效率和可重复性。
（来自deepseek问答。）
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