fzzz主题wordpress,网站优化建设扬州,页面模板微信,免费的小程序怎么赚钱在Jupyter-lab中使用RDKit画分子2D图 在做完分子对接后#xff0c;想看看筛选后的分子的结构。因此想利用Jupyter-lab来画分子的2D图。 1. 安装Jupyter-lab与RDKit 系统#xff1a;Win11已安装conda RDKit 是一个功能强大、灵活易用的化学信息学工具包#xff0c;广泛应…在Jupyter-lab中使用RDKit画分子2D图 在做完分子对接后想看看筛选后的分子的结构。因此想利用Jupyter-lab来画分子的2D图。 1. 安装Jupyter-lab与RDKit 系统Win11已安装conda RDKit 是一个功能强大、灵活易用的化学信息学工具包广泛应用于药物发现、化学生物学、材料科学等领域。RDKit 提供了丰富的化学信息可视化功能用户可以通过RDKit 生成分子结构图、化学反应图、药物分子的三维结构等方便进行结果展示和分析。 1.1 安装RDKit #创建并安装RDKit的conda环境 conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit#激活RDKit的虚拟环境 conda activate my-rdkit-env不知道为啥这一步很慢不知道是不是conda channel的问题。但总归是等了一段时间就成功了。参考自官方教程。 1.2 安装Jupyter-lab Jupyter Lab是Jupyter Notebook的升级版本可以一个窗口中同时打开多个 Notebook、代码编辑器、终端、文件浏览器等更方便地进行多任务处理和工作流程管理。Jupyter Lab集成了丰富的文档编辑器包括 Markdown、LaTeX 等用户可以方便地编写和编辑文档同时可以通过插件支持更多的文档格式和扩展功能。最主要的是Jupyter Lab提供了丰富的可视化功能用户可以通过插件支持各种图表库和数据可视化工具实现更丰富和复杂的数据分析和可视化。 使用pip安装 pip install jupyterlab 参考自官方安装教程。 2. 小分子SDF格式作图 2.1 画单个SDF格式的分子图 以他莫昔芬Tamoxifen小分子为例首先从PubChem网站下载该分子的三维结构的SDF结构文件。 如法炮制再下载其余三个小分子阿司匹林Aspirin莫洛昔康Molnupiravir瑞德西韦Remdesivir。将四个分子保存在sdf/文件夹中。 在CMD中跳转至cd sdf/文件夹路径下打开Jupyter-lab。 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import Draw#读取sdf文件 m1 Chem.MolFromMolFile(sdf/Conformer3D_COMPOUND_CID_121304016.sdf)#通过调用AllChem.Compute2DCoords(m1)计算出m1分子相应的二维坐标并将其更新到分子对象中 AllChem.Compute2DCoords(m1)#判断m1分子是否读取成功 m1 is None#Draw.MolToImage()函数画出分子的2D图像 Draw.MolToImage(m1)运行后结果如下 读取单个的SDF文件可以用Chem.MolFromMolFile()尽管这个主要用于读取MOL格式的分子文件。读取一个存有多个分子集的SDF文件主要用Chem.SDMolSupplier()。Chem.MolFromMolFile()无法读取PDB格式的分子文件因此小分子文件读取主推SDF格式。 2.2 画多个SDF格式的分子图 读取sdf/文件夹下的多个SDF分子且将分子的2D图放在一张图中。 import os import glob# 指定小分子的存储路径 path rsdf/# 使用os.path.join构建路径获取所有.sdf文件的路径列表 sdf_files glob.glob(os.path.join(path, *.sdf))# 将所有.sdf文件保存在一个列表ms中 ms [] for sdf_file in sdf_files:m Chem.MolFromMolFile(sdf_file)ms.append(m)#计算出列表中分子的二维坐标并将其更新到分子对象中 for m in ms: tmpAllChem.Compute2DCoords(m)# MolsToGridImage()函数可以将4个分子画在一张图上 # molsPerRow4参数设置4个小分子并排成一列 # subImgSize(500,500)设置每个小分子的图像尺寸为500x500大小 # legendsx.GetProp(_Name)获取小分子的名称作为图例 imgDraw.MolsToGridImage(ms[:4],molsPerRow4,subImgSize(500,500),legends[x.GetProp(_Name) for x in ms[:4]], returnPNGFalse) # 保存分子图像为PNG格式文件在sdf/文件夹下 img.save(./Mol_4.png)img结果如下所示 在Draw.MolsToGridImage函数中设置returnPNGFalse参数主要用于在保存画出的图片时img.save(的报错 AttributeError Traceback (most recent call last) Cell In[23], line 20 17 for m in ms: tmpAllChem.Compute2DCoords(m) 19 imgDraw.MolsToGridImage(ms[:4],molsPerRow4,subImgSize(500,500),legends[x.GetProp(“_Name”) for x in ms[:4]]) — 20 img.save(‘./Mol12_20.png’) 21 img AttributeError: ‘Image’ object has no attribute ‘save’