进行单细胞测序数据分析,Harmony是目前最常用的去批次工具之一，但在RStudio（特别是网页版/Server版）环境中配合Seurat使用时，经常会遇到关于对象命名的报错。
library(harmony) library(Seurat)# samples 是已经经过 Normalize, FindVariableFeatures, Scale, PCA 的 Seurat 对象 samples <- RunHarmony(object = samples,group.by.vars = 'orig.ident',max.iter.harmony = 20 )
报错信息：Harmony converged after 12 iterations
Error: (converted from warning) Invalid name supplied, making object name syntactically valid. New object name is Seurat..ProjectDim.RNA.harmony; see ?make.names for more details on syntax validity
针对此问题，我们提供两种解决思路：一种是从代码参数层面规避，另一种是从环境层面重置。
方案一：修改函数参数（推荐）
samples <- RunHarmony(object = samples,project.dim = FALSE, # 新增参数group.by.vars = 'orig.ident',max.iter.harmony = 20)
project.dim = FALSE 告诉 Harmony 不要将 Harmony 修正后的结果投影回原始维度空间并存储为额外的 Slot，从而避开了导致命名非法的那个特定步骤。对于绝大多数下游分析（如聚类、UMAP），这一步并不是必须的。
方案二：重置 RStudio 环境（备选）
如果方案一无效，或者你怀疑是当前 R Session 的环境配置（如 options 设置、缓存变量冲突）导致的问题，可以尝试重置环境。新环境通常会恢复默认的警告设置（即 Warning 不会中断代码运行），从而让 make.names 自动修正生效并完成运行。
