服务器创建多个网站吗,seo引擎搜索,网站快速建站,微信推广平台5. 命令 本部分描述了 LAMMPS 输入脚本的格式以及其中的命令如何用于定义 LAMMPS 模拟。主要包括以下内容。 5.1. LAMMPS 输入脚本 5.2.输入脚本的解析规则 5.3.输入脚本结构 本部分描述了典型的 LAMMPS 输入脚本的结构。 LAMMPS 发行版中的示例目录包含许多示例输入脚本…5. 命令  本部分描述了 LAMMPS 输入脚本的格式以及其中的命令如何用于定义 LAMMPS 模拟。主要包括以下内容。 5.1. LAMMPS 输入脚本 5.2.输入脚本的解析规则 5.3.输入脚本结构 本部分描述了典型的 LAMMPS 输入脚本的结构。 LAMMPS 发行版中的示例目录包含许多示例输入脚本它在示例文档页面上进行了讨论。 LAMMPS 输入脚本通常有 4 个部分 Initialization 初始化 System definition 系统定义 Simulation settings 模拟设置 Run a simulation 运行模拟 最后两个部分可以根据需要重复多次。例如运行模拟更改一些设置运行更多内容等等。现在将更详细地描述这4个部分中的每一部分。请记住只有在需要非默认值时才需要使用几乎所有命令。 5.3.1.初始化 设置在创建原子或从文件读入原子之前需要定义的参数。 相关命令有units、dimension、newton、processors、boundary、atom_style、atom_modify。 如果力场参数出现在将要读取的文件中这些命令会告诉 LAMMPS 正在使用哪种力场pair_style、bond_style、angle_style、dihedral_style、improper_style。 5.3.2.系统定义 在 LAMMPS 中有 3 种方法可以定义模拟单元并为力场信息保留空间并用原子填充它。 分别通过 read_data 或 read_restart 命令从 (1) 数据文件或 (2) 重新启动文件中读取它们。 这些文件还可以包含分子拓扑信息。 或者 (3) 创建一个模拟单元并使用晶格无分子拓扑上的原子填充它使用以下命令lattice、region、create_box、create_atoms 或 read_dump。 可以使用复制命令复制整组原子以进行更大的模拟。 5.3.3.模拟设置  一旦定义了原子和分子拓扑就可以指定各种设置力场系数、模拟参数、输出选项等。 力场系数由以下命令设置也可以在读入文件中设置pair_coeff、bond_coeff、angle_coeff、dihedral_coeff、improper_coeff、kspace_style、dielectric、special_bonds。 各种仿真参数通过以下命令设置neighbor、neigh_modify、group、timestep、reset_timestep、run_style、min_style、min_modify。 Fixes施加了各种边界条件、时间积分和诊断选项。修复命令有多种形式。 可以使用compute、compute_modify 和variable 命令指定在仿真期间执行的各种计算。 输出选项由Thermo、dump 和restart 命令设置。 5.3.4.运行模拟 使用 run 命令运行分子动力学模拟。使用最小化命令执行能量最小化分子静力学。可以使用 temp 命令运行并行回火副本交换模拟